종합소득세 수정신고 방법｜신고 누락 대처와 가산세 감면

종합소득세 수정신고는 5월에 이미 신고한 내용에서 소득을 빠뜨렸거나 세금을 적게 계산한 사실을 알게 됐을 때, 스스로 과세표준과 세액을 바로잡아 다시 내는 절차입니다.
세무서가 세액을 결정하거나 경정해 통지하기 전까지 할 수 있고, 법정신고기한이 지난 뒤 빨리 할수록 과소신고가산세 감면 폭이 커지므로 누락을 발견했다면 미루지 않는 것이 핵심입니다.

매출이나 지급처를 빠뜨린 개인사업자, 프리랜서 수입 일부를 신고하지 않은 직장인, 경비를 과하게 넣은 것을 뒤늦게 알게 된 분을 위한 글입니다.
수정신고 대상과 기한, 가산세와 감면율, 계산 예시, 신고 순서, 개인지방소득세 처리까지 차례로 정리했습니다.

종합소득세 수정신고 대상

수정신고는 이미 낸 신고서를 고치는 절차이므로 먼저 신고서를 낸 사람이어야 합니다.
국세기본법은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 낸 사람과 기한 후 신고서를 낸 사람이 다음 중 하나에 해당하면 수정신고를 할 수 있다고 정합니다(국세기본법 제45조 제1항).

• 신고서에 적은 과세표준과 세액이 세법에 따라 신고해야 할 금액보다 적을 때
• 신고서에 적은 결손금이나 환급세액이 세법상 금액보다 클 때
• 원천징수의무자의 정산 과정에서 소득이 빠지는 등 시행령이 정한 사유로 불완전한 신고를 했을 때

근로소득만 있는 직장인처럼 확정신고를 하지 않아도 되는 사람도 이 규정에서는 신고서를 낸 사람으로 함께 봅니다(같은 항 괄호).
신고를 아예 하지 않았다면 고칠 신고서가 없으므로 수정신고가 아니라 종합소득세 기한 후 신고를 해야 합니다.

수정신고, 경정청구, 기한 후 신고 구분

종합소득세 수정신고와 자주 헷갈리는 절차가 경정청구와 기한 후 신고입니다.
내가 처음에 신고를 했는지, 세금을 적게 냈는지 많이 냈는지에 따라 고르는 절차가 달라집니다.

세금을 많이 낸 경우의 기한과 절차는 경정청구 방법과 청구기간에서 따로 정리했습니다.
한 번의 신고에서 빠뜨린 소득과 빠뜨린 경비가 함께 있다면, 결과적으로 세액이 늘어나는지 줄어드는지를 먼저 계산해 보고 절차를 정하세요.

종합소득세 수정신고 기한

수정신고는 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정해 통지하기 전으로서, 국세 부과제척기간이 끝나기 전까지 할 수 있습니다(국세기본법 제45조 제1항).
부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고, 부정행위가 있으면 더 길어집니다(국세기본법 제26조의2).

기한이 길다고 해서 늦게 해도 되는 것은 아닙니다.
감면율은 법정신고기한이 지난 뒤 경과한 기간으로 정해지고, 납부지연가산세는 하루 단위로 쌓이기 때문에 같은 누락이라도 빨리 바로잡을수록 부담이 줄어듭니다.

수정신고 가산세와 감면율

적게 신고한 세액에는 과소신고가산세가 붙습니다.
부정행위가 아닌 일반 과소신고라면 과소신고한 납부세액 등의 10%이고, 부정행위로 적게 신고했다면 그 부분은 40%(역외거래 60%)입니다(국세기본법 제47조의3 제1항).
여기에 원래 납부기한 다음 날부터 실제로 낸 날까지 1일 10만분의 22의 납부지연가산세가 더해집니다(국세기본법 제47조의4, 시행령 제27조의4).

법정신고기한까지 신고한 사람이 기한이 지난 뒤 수정신고하면 과소신고가산세를 아래 비율만큼 감면받습니다(국세기본법 제48조 제2항 제1호).

감면은 과소신고가산세에만 적용되고 납부지연가산세는 줄어들지 않습니다.
또 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고하거나, 관할 세무서장의 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고한 경우에는 감면을 받을 수 없습니다(국세기본법 시행령 제29조).

종합소득세 수정신고 가산세 계산 예시

5월 31일이 기한인 종합소득세를 기한 안에 신고했는데, 나중에 사업소득 일부를 빠뜨려 납부세액이 100만 원 적었다는 사실을 알게 됐다고 가정해 보겠습니다.
부정행위가 아닌 일반 과소신고이고, 기한이 지난 뒤 60일째 되는 날 수정신고와 납부를 함께 마쳤다고 보면 다음과 같습니다.

같은 누락을 1년 넘게 방치했다면 감면율은 20% 이하로 떨어지고 납부지연 일수도 늘어납니다.
예시는 단순 계산이며, 실제 금액은 홈택스 수정신고 화면의 계산 결과로 확인하세요.

종합소득세 수정신고 순서

과세표준수정신고서에는 처음 신고한 과세표준과 세액, 수정하는 과세표준과 세액을 적고, 수정한 부분에 처음 신고서에 붙여야 했던 서류가 있으면 고친 서류를 함께 내야 합니다(국세기본법 시행령 제25조 제1항).

1. 처음 낸 신고서와 접수증, 납부 내역을 확인합니다.
2. 빠뜨린 소득이나 과하게 넣은 경비를 항목별로 정리하고 원천징수영수증, 매출 자료 같은 근거를 모읍니다.
3. 고친 뒤의 과세표준과 세액을 다시 계산하고, 처음 세액과의 차이를 확인합니다.
4. 홈택스 또는 관할 세무서를 통해 수정신고서를 내고, 부족한 세금과 가산세를 함께 납부합니다.
5. 개인지방소득세 수정신고도 진행하고 추가 납부세액이 있으면 납부합니다.

수정신고서를 내는 사람은 이미 낸 세액이 수정신고한 세액보다 적으면 그 부족한 금액과 가산세를 추가로 내야 합니다(국세기본법 제46조 제1항).
종합소득세 수정신고 때 신고만 하고 납부를 미루면 납부지연가산세가 계속 늘어나므로 신고와 납부를 같은 날 마치는 편이 좋습니다.

개인지방소득세 수정신고

개인지방소득세 확정신고를 한 거주자가 소득세를 수정신고할 때는 납세지 관할 지방자치단체의 장에게도 지방세기본법에 따른 수정신고를 해야 합니다(지방세법 제96조 제1항).
수정신고로 추가 납부세액이 생기면 그 세액도 납부해야 합니다(같은 조 제3항).
종합소득세 수정신고를 마친 뒤 지방소득세 쪽 처리 여부도 따로 확인해 두세요.

종합소득세 수정신고 사례

지급처 한 곳을 빠뜨린 프리랜서

프리랜서 A씨가 5월 신고 때 3.3%를 떼고 받은 지급처 한 곳의 사업소득을 빠뜨렸다면, 그만큼 수입금액과 세액이 적게 신고된 것이므로 수정신고 대상입니다.
빠뜨린 소득의 원천징수세액은 기납부세액으로 함께 반영되므로, 추가로 낼 세금은 누락 소득 전체가 아니라 다시 계산한 결정세액과의 차이입니다.
지급처별 소득 확인 방법은 프리랜서 3.3% 세금 환급 방법에서 함께 볼 수 있습니다.

경비를 이중으로 넣은 개인사업자

개인사업자 B씨가 같은 카드 결제 건을 장부에 두 번 넣어 경비가 과하게 잡힌 사실을 발견했다면, 소득이 실제보다 적게 신고된 것이므로 수정신고로 바로잡아야 합니다.
경비 증빙 기준은 개인사업자 경비처리 가능한 항목에서 다시 확인하세요.

자주 묻는 질문

Q1. 부족한 세금을 한 번에 내기 어려우면 어떻게 하나요?

A. 납부지연가산세는 감면 대상이 아니고 하루 단위로 쌓이므로, 가능한 만큼 먼저 납부하는 것이 부담을 줄이는 방법입니다.
납부기한 연장이나 분납이 가능한지는 사정에 따라 다르므로 관할 세무서에 확인하세요.

Q2. 세무서에서 해명 안내문을 받은 뒤 수정신고해도 감면되나요?

A. 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고한 경우에는 경정할 것을 미리 알고 신고한 것으로 보아 과소신고가산세 감면을 받을 수 없습니다.
안내문을 받기 전에 스스로 발견했다면 그 즉시 수정신고하는 것이 유리합니다.

Q3. 법정신고기한이 지난 뒤 2년이 넘으면 수정신고를 못 하나요?

A. 2년은 감면을 받을 수 있는 기간이고, 수정신고 자체는 결정·경정 통지 전이면서 부과제척기간 안이라면 할 수 있습니다.
다만 2년이 지나면 과소신고가산세 감면은 적용되지 않습니다.

Q4. 연말정산만 한 직장인도 수정신고 대상이 되나요?

A. 근로소득만 있는 사람도 연말정산 때 공제를 과하게 받아 세금을 적게 냈다면 수정신고 대상이 될 수 있습니다.
반대로 공제를 빠뜨려 세금을 많이 냈다면 연말정산 공제 누락 경정청구를 확인하세요.

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• 종합소득세 기한 후 신고 방법
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• 세금·세무 가이드 허브

공식 확인처

국세청 · 홈택스 · 국세기본법 제45조 · 국세기본법 제47조의3 · 국세기본법 제48조 · 국세기본법 시행령 제29조 · 지방세법 제96조

※ 이 글은 종합소득세 수정신고에 대한 일반 안내입니다. 누락 사유와 부정행위 여부, 신고·납부 시점에 따라 가산세와 감면이 달라질 수 있으므로 구체적인 판단은 세무 전문가나 관할 세무서에 확인하세요.