부가세 수정신고는 이미 낸 부가가치세 신고에서 매출을 빠뜨렸거나 공제받을 수 없는 매입세액을 넣어 세금을 적게 신고했을 때, 스스로 과세표준과 세액을 바로잡는 절차입니다.
세무서가 결정·경정해 통지하기 전까지 할 수 있고, 신고기한이 지난 뒤 빨리 할수록 과소신고가산세 감면이 커지지만, 세금계산서 관련 가산세는 수정신고로 감면되지 않을 수 있으므로 누락 유형부터 나눠 봐야 합니다.
부가가치세 신고 뒤 카드 매출이나 세금계산서 매출 누락을 발견한 개인사업자, 공제 안 되는 매입을 넣은 것을 알게 된 분, 반대로 매입 세금계산서를 빠뜨린 분을 위한 글입니다.
누락 유형별 처리 방법, 수정신고 기한과 가산세, 감면율, 신고 순서와 사례를 정리했습니다.
핵심 요약
- 매출 누락이나 과다 공제로 부가가치세를 적게 신고했다면 수정신고 대상이고, 매입 누락으로 세금을 많이 냈다면 경정청구 대상입니다.
- 적게 신고한 세액에는 과소신고가산세(일반적으로 10%)와 1일 10만분의 22의 납부지연가산세가 붙습니다.
- 신고기한이 지난 뒤 1개월 이내 수정신고하면 과소신고가산세의 90%가 감면되고, 2년 이내까지 기간에 따라 감면율이 줄어듭니다.
- 세금계산서를 발급해야 하는 매출을 발급하지 않고 누락했다면 공급가액 기준 세금계산서 관련 가산세가 따로 붙을 수 있습니다.
부가세 수정신고 대상
수정신고는 법정신고기한까지 신고서를 냈거나 기한 후 신고서를 낸 사업자가 신고한 세액이 세법상 금액보다 적거나, 환급세액을 실제보다 많이 신고했을 때 할 수 있습니다(국세기본법 제45조 제1항).
부가가치세에서는 다음과 같은 경우가 대표적입니다.
- 카드 매출, 현금영수증 매출, 플랫폼 정산 매출 일부를 빠뜨린 경우
- 세금계산서를 발급한 매출을 신고서에 넣지 않은 경우
- 기업업무추진비나 개별소비세 과세 대상 승용차 관련 매입처럼 공제되지 않는 매입세액을 공제받은 경우
- 환급세액을 실제보다 많이 신고한 경우
공제되지 않는 매입 기준은 매입세액 불공제 항목에서 자세히 정리했습니다.
누락 유형별 처리 방법
부가세 수정신고가 필요한지, 경정청구가 맞는지는 누락 때문에 세금이 늘어나는지 줄어드는지로 판단합니다.
| 누락 유형 | 세액 변화 | 절차 |
|---|---|---|
| 매출 누락 | 납부세액 증가 | 수정신고 |
| 불공제 매입을 공제받음 | 납부세액 증가 | 수정신고 |
| 매입 세금계산서 누락 | 납부세액 감소 | 경정청구 |
| 환급세액 과다 신고 | 환급세액 감소 | 수정신고 |
매입 세금계산서를 빠뜨린 경우에는 매입처별 세금계산서합계표나 신용카드매출전표등 수령명세서를 경정청구서와 함께 제출해 세무서가 경정하면 매입세액을 공제받을 수 있습니다(부가가치세법 시행령 제74조 제2호).
같은 신고에 매출 누락과 매입 누락이 함께 있다면 두 가지를 모두 반영해 다시 계산한 결과로 절차를 정하세요.
경정청구 기간과 절차는 경정청구 방법과 청구기간에서 확인할 수 있습니다.
부가세 수정신고 가산세
과소신고가산세와 납부지연가산세
적게 신고한 세액에는 과소신고가산세가 붙으며, 부정행위가 아닌 일반 과소신고라면 과소신고한 납부세액 등의 10%입니다(국세기본법 제47조의3 제1항).
영세율 과세표준을 적게 신고했다면 그 과세표준의 1천분의 5가 더해집니다(같은 조 제2항 제2호).
여기에 원래 납부기한 다음 날부터 실제로 낸 날까지 1일 10만분의 22의 납부지연가산세가 붙습니다(국세기본법 제47조의4, 시행령 제27조의4).
세금계산서 관련 가산세
세금계산서를 발급해야 하는 거래에서 확정신고기한까지 세금계산서를 발급하지 않았다면 공급가액의 2%, 발급시기가 지났지만 확정신고기한까지 발급했다면 1%의 가산세가 붙습니다(부가가치세법 제60조 제2항).
이 가산세는 국세기본법 제47조의3에 따른 과소신고가산세가 아니어서 아래 수정신고 감면표가 적용되지 않습니다.
소비자에게 카드나 현금영수증으로 판매하는 것처럼 세금계산서 대신 영수증을 발급하는 거래라면 이 가산세보다 과소신고가산세와 납부지연가산세가 중심이 됩니다(부가가치세법 제36조).
부가세 수정신고 감면율
법정신고기한까지 신고한 사업자가 기한이 지난 뒤 수정신고하면 과소신고가산세를 아래 비율만큼 감면받습니다(국세기본법 제48조 제2항 제1호).
| 수정신고 시점(법정신고기한 경과 후) | 과소신고가산세 감면 |
|---|---|
| 1개월 이내 | 90% |
| 1개월 초과 3개월 이내 | 75% |
| 3개월 초과 6개월 이내 | 50% |
| 6개월 초과 1년 이내 | 30% |
| 1년 초과 1년 6개월 이내 | 20% |
| 1년 6개월 초과 2년 이내 | 10% |
세무공무원이 조사에 착수한 것을 알거나 과세자료 해명 통지를 받은 뒤 수정신고했다면 감면을 받을 수 없습니다(국세기본법 시행령 제29조).
또 감면은 과소신고가산세에만 적용되므로 납부지연가산세는 그대로 남습니다.
부가세 수정신고 가산세 계산 예시
일반과세자가 7월 25일이 기한인 1기 확정신고를 마친 뒤, 카드 매출 공급가액 500만 원을 빠뜨린 사실을 알게 됐다고 가정해 보겠습니다.
누락 매출세액은 50만 원이고, 부정행위가 아닌 일반 과소신고이며, 기한이 지난 뒤 20일째 되는 날 수정신고와 납부를 함께 마쳤다고 보면 다음과 같습니다.
| 항목 | 계산 |
|---|---|
| 누락 매출세액 | 5,000,000원 × 10% = 500,000원 |
| 과소신고가산세 | 500,000원 × 10% = 50,000원 |
| 1개월 이내 감면 90% | 50,000원 × 90% = 45,000원 감면 |
| 납부지연가산세(20일 경과 가정) | 500,000원 × 20일 × 0.022% = 2,200원 |
| 추가 납부 합계 | 500,000원 + 5,000원 + 2,200원 = 507,200원 |
카드 매출이라 세금계산서 관련 가산세가 없다는 가정의 단순 계산입니다.
세금계산서 발급 대상 매출을 발급 없이 누락했다면 공급가액의 2%가 추가될 수 있으므로 실제 금액은 홈택스 계산 결과로 확인하세요.
부가세 수정신고 순서
과세표준수정신고서에는 처음 신고한 과세표준과 세액, 수정하는 과세표준과 세액을 적고, 고친 부분과 관련된 첨부서류도 수정해 함께 내야 합니다(국세기본법 시행령 제25조 제1항).
- 처음 낸 부가가치세 신고서와 접수증, 납부 내역을 확인합니다.
- 카드사 매출 자료, 현금영수증 매출, 플랫폼 정산 명세, 발급한 세금계산서를 신고서와 대조해 누락 금액을 찾습니다.
- 매입 쪽에서 공제받을 수 없는 매입세액을 넣지 않았는지 다시 확인합니다.
- 고친 과세표준과 세액을 계산하고, 매출처별 세금계산서합계표 등 관련 명세도 함께 수정합니다.
- 홈택스 또는 관할 세무서에 수정신고서를 내고 부족한 세액과 가산세를 납부합니다.
- 부가가치세 매출이 바뀌었다면 종합소득세 신고의 수입금액도 맞는지 확인합니다.
부가세 수정신고로 매출을 고쳤는데 종합소득세 수입금액이 그대로라면 두 신고가 서로 맞지 않게 됩니다.
종합소득세 쪽 처리는 종합소득세 수정신고 방법에서 이어서 확인하세요.
부가세 수정신고 사례
배달앱 정산 매출 일부를 빠뜨린 음식점
음식점을 하는 일반과세자 A씨가 카드 단말기 매출만 신고하고 배달앱을 통해 결제된 매출 일부를 빠뜨렸다면, 그만큼 과세표준과 매출세액이 적게 신고된 것이므로 부가세 수정신고 대상입니다.
플랫폼 정산금은 수수료를 뺀 금액이어서 그대로 매출로 쓰면 다시 틀릴 수 있으므로, 매출액과 정산금을 구분하는 방법은 온라인쇼핑몰 부가세 신고를 참고하세요.
거래처 선물 매입세액을 공제받은 사업자
B씨가 거래처에 줄 선물을 사면서 받은 세금계산서의 매입세액을 공제받았다면, 기업업무추진비 관련 매입세액은 공제되지 않으므로 그만큼 납부세액이 적게 신고된 것입니다(부가가치세법 제39조 제1항 제6호).
이 경우 공제받은 매입세액을 빼고 다시 계산해 수정신고합니다.
자주 묻는 질문
Q1. 예정신고 때 빠뜨린 매출은 어떻게 하나요?
A. 예정신고 때 적게 신고한 부분도 수정신고 대상이며, 확정신고 전에 발견했다면 확정신고기한까지 바로잡는 것이 가산세 부담을 줄이는 방법입니다.
개인 일반과세자는 예정고지로 납부하는 경우가 많으므로, 내 사업장이 예정신고 대상이었는지 먼저 확인하세요.
Q2. 간이과세자도 부가세 수정신고를 하나요?
A. 간이과세자도 신고한 공급대가가 적었다면 수정신고 대상입니다.
수정신고로 해당 연도 공급대가가 간이과세 기준금액 이상이 되면 시행령이 정한 과세기간의 납부세액을 일반과세자 방식으로 계산하는 규정이 있으므로(부가가치세법 제63조 제7항) 세무서 안내를 함께 확인하세요.
Q3. 매출 누락을 세무서가 먼저 알려 주면 어떻게 되나요?
A. 과세자료 해명 통지를 받은 뒤 수정신고하면 과소신고가산세 감면을 받을 수 없고, 수정신고하지 않으면 세무서가 결정·경정할 수 있습니다.
누락을 먼저 발견했다면 통지를 받기 전에 수정신고하는 것이 유리합니다.
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공식 확인처
국세청 · 홈택스 · 국세기본법 제45조 · 국세기본법 제48조 · 부가가치세법 제60조 · 부가가치세법 시행령 제74조
※ 이 글은 부가세 수정신고에 대한 일반 안내입니다. 누락 유형과 세금계산서 발급 여부, 부정행위 여부, 신고·납부 시점에 따라 가산세와 감면이 달라질 수 있으므로 구체적인 판단은 세무 전문가나 관할 세무서에 확인하세요.